第二阶段舵罗尔亚基地 猎人练习场所，用于研究“希力欧斯”的暴乱原因。关卡要点：这里是由8个小的练习关卡聚集而成的。在主画面中的背景上可看到3排点阵，由高到低代表每个小关卡能得到的上中下等评判。练习关卡的难度是互动的，前一关的表现决定了你下一关的难度，同时也决定了你的起评档次。
只要你失败一次，难度就会下降一档。每次表现达到最好准则就会让下次练习课程提升一档难度。此外，后期练习关卡之间的行进跳跃有一定的难度。隐躲要素1。在第四段练习进进第五段练习之间的地方，画面左上角高处有隐躲的配件，需要让艾克斯从右上角高处反身冲刺过往（按X键）就能到达。
还有一个必要的前提是艾克斯已学会了迫击炮弹。2。在第六段练习进进第七段练习之间的地方，利用冲刺就能得到稀有金属，对杰洛很有用。3。练习关卡每次都能得到上等评判，可得到稀有金属。或者大多为上等评判，一两次为中等评判，也可得到稀有金属，两种金属作用不同。
特殊关卡：这里的挑战是很多人梦寐以求的，也是勾起老资格洛克人玩家美好回忆的地方。假如玩家可达到这关从头到尾不丢一格血，而且每一小关都能以快速度击败敌人而使自己拿到所有上等评判，那么在最后就要进进Boss决战前会得到与昔日8位机上的Boss——剪刀人重逢的机会。
不过前提要求很难达到，难度比较BT。Boss：向日葵自身属性：光相克属性：暗Boss战技艺：向日葵看上往并不凶狠，初期会在地面射出一条激光，遇墙后会反弹，要注重跳跃躲避。当它的HP减至一定程度后，激光会变为两条，这时要一边利用艾克斯的冲刺能耐，一边利用它制造的阻碍物躲避。
当它的HP减至一半后会出现贯穿屏幕的红色巨型光柱，对主角的威逼就更大了。另外，它释放一种笼子具有捕捉效果，假如被捉住后要立刻更换人来脱身。向日葵闪光效果时是不受进攻侵害的，当它刚刚钻出地面时打击它最为有效。 南极冰山环境试验中心系统失灵，需要尽快恢复运作。
角色意见：首选艾克斯，其余一个在杰洛和艾克赛尔之间任意挑选。关卡要点：本关类似于赛车形式，按Z键是刹车，X键是加速。沿途的敌人很轻易对付，难点在于很多冰川的深坑地段需要借助跳板飞越，所以把握方向和时机是需要一定技艺的。途中会碰到Boss驾驶着飞机两次拦截主角，第一次需要在躲避和射毁小兵、炮弹之后，利用飞机接近地面时射击机体，多次重复方能打败对方。
第二次破坏飞机的良机出现在两种时刻，其一是在飞机正面对准自己，并向主角冲撞而来时，但在射击几枪后，要立刻避开其威猛的撞击；其二是在飞机贴近地面飞行时，按X键加速迫近飞机连续进攻它，但很轻易被飞机尾部扔出的东东击中。隐躲要素1。打完第二次飞机时主角会自动跳离飞车，在和Boss决战的门前会有个T字形墙壁，使用杰洛的2段跳上往。
这里的难度较大，首先要在T字形墙壁的某一特定点往外跳之后，然后再看准时机跳一次才可能跳上往。跳上往之后会看到有好几个冰块挡在前面，这时用艾克赛尔的雷射枪化之，进往就能取得配件。2。紧接着往画面左边走，向前腾空冲刺飞起不要停，直到看到平台再落下来，上往后得到稀有金属。
Boss：雪崩怪自身属性：冰相克属性：电Boss战技艺：战斗在齐腰深的雪地进行。冰属性的雪崩怪一开始会释放冰晶进攻，注重抉择缺口躲开，可考虑艾克赛尔的滞空进攻。失血过多之后它会从雪地里使出升龙拳，而后还会放出大型雪花企图冻住玩家，要灵巧使用换人功能。
使用电属性的进攻会收到事半功倍的效果。火山地狱镇压正在 *** 的废物处理场。角色意见：抉择杰洛和艾克赛尔搭档比较适宜。关卡要点：对玩家跳跃能力要求很高的关卡（擅长游戏《钻子先生》的朋友就感觉很轻易了），要连续不断借助平台往下跳，屏幕始终往上卷轴，稍有迟疑就会被卡死。
注重有一些平台上会有踏一下过数秒钟就会引发爆炸的油桶，还有某些阶段有横贯屏幕的激光伤人。在一段由尖刺和管道构成的房间中，需要小心的敌人是一种持冷冻枪的小兵，被其射中后身体会被冻结，短时间内无法活动。战胜Boss之后的阶段逃生时，屏幕变成了往下卷轴，需要连续往上跳避免被通红的岩浆烧死。
隐躲要素1。在那段有尖刺和管道构成的房间最高处的左边墙壁上，尖刺中间有一个小洞口，此刻无法进进其中。但在此段最底部有一个喷火飞人，利用艾克赛尔的复制功能复制这个飞人，然后再回到最上层就可进进洞口取得杰洛的武器。2。还是在这一段中，某处地板踩上往感觉很不牢靠，掌握杰洛抡起大锤子敲碎地板，掉下往可得到稀有金属。
3。艾克斯的腿部配件H，但中间有管道阻挡不能直接过往拿，需要从下面多次利用2段跳跳上往才能得到。4。穿过一个房间后，是第二次朝下跳的场景，先别急着下往，借助空中的几个平台，跳到出口的正上方，进进隐躲房间得到稀有金属。奖励关卡：往下一直跳，测试此段地域的深度。
Boss：火焰鸟自身属性：火相克属性：冰Boss战技艺：火焰鸟擅长一些火属性的高招，开始表现为喷火飞铲。当HP减到1/4时会令主角脚下的5个油桶不断起伏，注重不要让自己站在最高或最低的油桶上。当它只剩下1/2HP时会在屏幕左右两侧冒出高高的火柱，此后它还会向一侧喷火，这里因为地域狭隘，所以尽快利用双重进攻来干掉它比简单躲避要实际一些。
神异堡垒搜觅反重力研究所上空出现的不明建筑物。角色意见：抉择艾克斯和杰洛搭档关卡要点：这一关由很多小房间组成，房间里的红色按钮可让房间顺时针180度旋转，而另外的绿色按钮则会顺时针90度旋转房间。出口传送点显现绿色的发光半球状，有时候出口被箱子挡住了，需要多次旋转房间才能找到，但要小心不要让自己被旋转后落下的箱子砸死了。
最难的是一处有着6个箱子的房间，箱子中会伸出尖刺，还会依次掉落，主角需要在其间觅觅空隙灵巧躲避，历经多次检验后才能离开房间。隐躲要素1。从上述最难的有着6个箱子的房间出来后，接下来的一个房间里有着许多尖刺和两个绿色传送点，将房间连续翻转多次，进进其中一个传送点，就可得到盔甲配件。
2。在那个需要上多级台阶的地方，左上角有一个箱子，让杰洛跳到箱子上面，之后换成艾克斯在箱子上面使用水晶墙，按S键蓄力形成的水晶可把箱子里面的东西带出来，这就是杰洛的某种特殊武器。3。行进到最后一个四面都是尖刺、中间是移动的箱子的房间时，左下角有杰洛的功夫扇。
不过要得到有些棘手，需要利用艾克赛尔的复制功能在这一关开始时复制一种可在尖刺上行走的敌人，之后变成他的样子就可取得了。Boss：蚂蚁精自身属性：重力相克属性：暗Boss战技艺：战斗开始后进攻你的仿佛是那些布满灵性的箱子，蚂蚁精倒像是一个旁看者，局外人。
它不断改变重力的方向来让箱子四散跌落来砸你。等到蚂蚁精开始在房间中心营造出一个黑洞时，实际上代表着反击它的机会已悄然来临。当心它发出的一种绿色小球有捕捉作用，一旦被挠需要转换角色脱身。当其HP只剩1/2时这厮会不停地放大量的箱子砸你，左右冲刺躲避是最适合的。
海上神坛阻止目的移动，恢复都市治理系统。角色意见：关卡对3个人物的能力要求没有区别，故可任意搭配。关卡要点：这一关和电影《第五元素》的一些片段很相似，属于3D状态下的追逐和射击模式，要在尽量避免撞上沿途阻碍物的同时，注重食到路上那些弥补武器槽的光球，还要挠紧时间射击敌人，要害是按S键按钮加速紧追敌人，本关有时间限制，转了3圈还没有打倒对方就失败了。
Boss：闪电水母自身属性：电相克属性：地Boss战技艺：战斗在一个小平台上进行，初期闪电水母不停地往返飞，看准了躲开它的进攻并且不停射它就可以了。1/4HP时开始发出6个小水母，并且放出电闪栅栏把你困住。要注重的是它此时的飞行路线会发生转变。
在仅余1/2HP时启动大型闪电侵害很大。释放之前仔细看察地面，有亮光的地方就是闪电要劈下的地方。最后还会放伞状闪电和大水母，这时单纯躲避不是 *** ，还要伺机在自己生命受损时给予对方更大打击。注重被水母挠住时换人即可。火箭森林找出火箭保存处发生反常反应的原因。
角色意见：抉择艾克斯和艾克赛尔搭档比较适宜。关卡要点：大树参天的森林里，有着与众不同的特征。本关玩家可驾驶一种机器人作战了，如此这般，不仅战斗力更强，而且还是拿到隐躲物品的必要前提。如何掌握好机器人的行动是过关的要害。通过传送带和升降平台将机器人送到更远的地方需要一定的技艺和手段。
此外，主角艾克赛尔的复制人功能和艾克斯的冲刺功夫也是需要灵巧运用的高招。隐躲要素1。打完第一批机器人时出往，会看到两只挈着爆炸球的弹头怪，打死它们之后把机器人放在升降梯，升上往之后换成艾克赛尔驾驶机器人，先让机器人在空中飞一小段之后，此后让艾克赛尔脱离机器人，立刻浮在空中飞过往，在大树旁边的小平台上会得到配件。
2。一开始的喷水池那里有一只身体较高而且会变成球滚来滚往的机器人，用艾克赛尔复制弹干掉它取得DNA后再继续往前走直到刚才拿配件的那个地方，在那里往下跳直到底部往左走会看到一个小通道，一般人进不往，这时就让艾克赛尔变身为刚才那个可变球的机器人进往拿稀有金属吧。
3。继续往前走会看到有刺的传送带上会有一些箱子在移动，这时就挠紧时机沿中间的道路进往，之后继续往左走会看到一个机器人，骑上穿越传送带，接着往右边的平台飞，到了之后先离开机器人继续往前走，前方有一个开关，按下往平台会自动下降，这时回往接着驾驶机器人跳上平台，借助它摧毁黑色的箱子，在地面有图样的地方使用艾克斯的水晶墙功夫，获取稀有金属。
4。完成上述第三步后，千万不要让机器人毁掉，驾驶它继续前进。不要让它踩爆所有箱子，之后会到达背景有金属的场景，让机器人从尖刺传送带传送进往，自己撞一次后利用隐身进进，之后驾驶机器人，到尽头得到稀有金属。Boss：熊猫怪自身属性：木相克属性：火Boss战技艺：熊猫怪一开始会发射从天而降的竹笋炸弹，它受打击多次后会低头从后背发射手雷，而且假如你靠近它后，它还会周身冒火。
当其剩下1/2HP时，从地面会立起大竹子进攻你，它还会在四面做出半球状的紫色防护罩。小心应付它的进攻，干掉它还是比较轻易的。金属村在金属摘掘场发生暴乱，要尽快赶到现场镇压。角色意见：抉择艾克斯和杰洛搭档。关卡要点：在金属摘掘场一开始就被一个巨型机器人追，一边逃命一边还得对付沿途的小兵，逃到尽头需要打开吊车的开关，掌握吊车臂吊着的铁爪撞击机器人的头部。
击打开关3次就可打退机器人。机器人击退后转身就逃，追赶它时射击其上部会有大量金属掉落。当它逃进房间后，在半空的L形走道里往返击打两头的开关，掌握吊车臂吊着的铁爪撞击机器人的头部6次就可彻底打瘫痪它。隐躲要素1。最初逃亡的阶段可看到浩大的恐龙骨架，跳上往在末端冲刺可取得稀有金属。
2。在一个小土坡下方有一个凹处被石头和油桶堵住了，在上面打开开关，启动吊车。之后机器人转身逃跑时，从高处的悬崖往吊车冲刺，接连跳过几个吊车臂上的高空木台，最后得到稀有金属。3。原先被封住的凹处现在可打爆油桶进进，可得到艾克斯的身体配件I。4。
在机器人逃跑的后期，在一个凹沟里，使用水晶墙就可得到稀有金属。Boss：滚石甲虫自身属性：地相克属性：重力Boss战技艺：滚石甲虫外面裹着一层厚厚的甲壳，当它脱掉甲壳时才能有效打击它。它会释放金黄色的水晶和飞行的紫色水晶进攻玩家，而后还会在地面左右冲刺撞击主角。
避过之后打击它，不是太难的挑战。黑暗地域潜进地下兵队基地，停止其一切武器生产活动。角色意见：抉择艾克斯和艾克赛尔搭档。关卡要点：阴森黑暗的建筑物内，玩家沿着走廊前进，探照灯有规则的扫射，一旦被发现了就会触发警报，来往的道路均被封闭，走廊旁边的房间里就会出现一些士兵，此处的要点是必须把持盾的士兵头目消亡掉才可继续通行。
由于小头目可施展防护罩功夫，所以这里也是打出空前绝后的999连击之最佳机会（如图22）。关卡后半部分出现了几次需要乘坐升降平台时，而在楼道里会有一段段的激光射线，这时需要玩家用手扣住平台边缘，躲在远离射线源的另一端方能避险。隐躲要素1。在进进有很多探照灯的走廊后，在走廊尽头可看到对面的小平台上面有个血瓶，跳到平台上，并攀附墙壁向上进进一个进口。
利用艾克赛尔的变身能力变成士兵（按A键），按S键向门前打瞌睡的士兵敬礼，他就会规规矩矩地开门。进进发电机房后，在发电机前的地板上，利用艾克斯的水晶墙得到稀有金属。2。接着用艾克斯的闪电打拳功夫，连续对着发电机放电用，发电机就会开始工作，之后整个黑暗地域的灯就全亮了。
离开发电机房，沿来路回往，发现刚才经过的走廊半空中有多处平台，在最远端的平台上得到稀有金属。3。之后需要按照最初的方向前进，在刚才进进发电机房的进口处跳下往，在下层的走廊尽头有两处平台，最高处的平台上有杰洛的新武器。4。本关最后的游戏后半段最后一个需要乘坐升降平台的楼道里，平台不停往下降，但是假如挠紧时机不断沿墙壁往上跳，右边会有隐躲房间，在其中获得艾克斯的身体配件H。
Boss：黯夜螳螂自身属性：暗相克属性：光Boss战技艺：黯夜螳螂初期的威力很弱小，完全没有Boss的气质，但是一旦你小瞧了它的威力就会上大当。它第一个让你食惊的是放出黑色的追魂箭，雨点一般地落在地面。而之后的扇形光波斩更是力发千钧，紫色的进攻领域覆盖了足足一半的屏幕。
要躲开这种进攻，只有看你是否能在其出招前看准方向，利用冲刺快速躲到另外一边往，同时利用其短暂的不设防时段反戈一击。