第三阶段雅科布利用卫星轨道检测出从西格玛发出的通信信号。角色意见：抉择艾克斯和艾克赛尔搭档。关卡要点：乘坐浩大的升降平台上往，沿途的小虾小蟹根本是螳臂当车，轻松解决掉。在最高处遇见维拉。Boss：维拉Boss战技艺：维拉对于玩家而言并非新角色，在前面的关卡中某些房间里你可能与它“巧遇”过多次。
初期它会不停地放出光球，你只要不停地冲刺并觅觅其中的缺口就可躲开。这之后它会释放追踪闪电和地面烈火，剩下1/2血值时会爆发6组闪电网封锁几乎整个画面，并且闪电会有规则地旋转。把握其规则，利用空隙冲过往，或者用隐身鞋穿越。蓄积光球可有效打击它。
月球通道资料卫星检测出西格玛反应。角色意见：抉择艾克斯和艾克赛尔搭档。关卡要点：进进西格玛宫殿后，和前面的8个Boss再次激战。注重每次和一名Boss战斗结束后，立刻收集场景中的战利品弥补血值和装备。之后宫殿将会发生爆炸，赶紧沿原路退出，在进口处遇见西格玛。
Boss：西格玛Boss战技艺：当你精疲力竭地和8个Boss再次激战过后，最要害的是需要保证充裕的血值，否则面对西格玛时会非常被动。西格玛的威力斩侵害极大，可跳到墙壁上躲开，它进攻力很强劲，全屏进攻侵害最大。后期会释放红色激光令地面着火，这时也只能跳到墙壁上往躲。
注重西格玛的子弹可使用黑洞功夫吸取。西格玛神殿一切都是西格玛干的坏事，要立刻消亡它。角色意见：抉择杰洛和艾克赛尔搭档。关卡要点：降落在月球表面，小心路上的深潭，掉进往就没救了。进进神殿后碰到维拉的复制版，它驾驶着机器人座驾，比上次碰到要难对付一点。
干掉它之后继续前进，神殿内部出现许多小兵化身的西格玛幻像，它们都是不经打的纸老虎，这里难度最大的是如何巧妙地跳跃前进，假如身手不够灵敏的话完全无法通过此处。在最后的大殿里遇见被DNA病毒强化了的西格玛真身。干掉它后，真正的元凶露明妮现身了，需要打死它两次才能结束战斗。
Boss：维拉复制版Boss战技艺：维拉驾驶着机器人座驾时，你就无法侵害到它本身，所以要尽快将它“斩落马下”。然后对付它的手段就和前面一样，没有太多不同，只是这家伙很明显地增强了不少战斗力。Boss：西格玛终极版Boss战技艺：西格玛简直就是邪恶的化身，终极版的它比前面那个强化了太多，简直不可同日而语。
它手持一把绿色的巨剑，靠近它就会遭受致命腰斩，远离它也会受到光圈追击。抉择杰洛跳到其身后的墙壁上进攻它，也可让艾克赛尔浮在半空中打击它。当其剩下1/2HP后，它可能伸出魔掌将你捏住，赶紧换人脱身吧。当它从天而降猛然斩击主角时，请赶紧使用冲刺手段进行躲避。
最后当它在画面两侧点起火柱时，记住切勿跳到墙壁上，这样会受到致命的打击。Boss：露明妮Boss战技艺：原来邪恶的西格玛背后还有小女孩一般的露明妮在捣鬼，它的外形柔弱，但是能耐决不是泛泛之辈。它周身围绕着8颗不同颜色的宝石，意味着它将前面8位Boss的功夫全部兼容并蓄，融于一身了。
你静静地看着它变换着身体的颜色，使出和颜色一致的那个Boss的功夫，除了尽量躲避之外，还发现只有它变成自己本色时你才可正常进攻。真是可怕的“小甜甜”！当它变成蓝色发射出大功率的雷电进攻时，就是你给予它致命打击的最好时机。Boss：露明妮终极版Boss战技艺：一次失败并不能使露明妮彻底完蛋，它还在休息时对猎人战队发动了心理攻势。
当它化身为伸展双翼的大鸟时，决战的最后时刻终究到来了！露明妮从半空中俯冲下来发动了第一波攻势，这很轻易躲过。然后就是一轮光波进攻，各种激光对人的侵害极大，即便小心应付可能也会中招一二。接着就是发射出许多大片的菱形金色羽毛来进攻玩家，看准这些羽毛的飞行规则，找到空隙跳跃或冲刺还算可对付。
突然，不知道魔女使了什么阴招，天色一片幽暗，要害时刻到了！假如你不能在半分钟内结果它的性命，那么最后牺牲的将是正义的猎人。