明智光秀发动本能寺之变的原因到现在也不是很明确。
明智家是美浓豪族土歧家的分支，属于武田氏一派的子孙，由于明智光秀的父亲明智光纲早亡，他是寄养在叔父明智光安的城里长大的，另外，明智光秀还是织田信长的妻舅，原因是因为明智光秀的叔父明智光安把三女儿嫁给了织田信长的岳父斋藤道三。
（注，该说法在历史上不被承认。美浓确实有个名为明智庄的庄园，但史料中却毫无任何有关明智家存在的证实。另外，《明智军记》写明智光秀游历的很多名城在当时还未建成，而那些提到的诸侯又早已死往。）
长大后的明智光秀出仕了斋藤家，此后不久，斋藤道三遭到其子斋藤义龙的攻杀，斋藤道三在长良战死后，斋藤家的新当主斋藤义龙立刻对亲近斋藤道三的明智家发动进攻，明智家被灭亡，明智光秀被迫逃亡到越前，出仕越前朝仓家。
也许是不称心朝仓家，永禄十一年(1568)七月，明智光秀再度出走，就在这时，他碰到了被三好三人众和松永久秀赶出京都的征夷大将军足利义辉的弟弟足利义昭，足利义昭此刻正前往越前朝仓家，他期看能够借助朝仓家的力量夺回征夷大将军职位，但是，朝仓家以实力不足的理由，拒绝了他的要求，无奈的足利义昭只好预备再往上杉家，武田家觅访扶助，就这样，为伸张大义的明智光秀跟随了足利义昭。
之后，他为信长和义昭牵线搭桥，信长赞同扶助义昭上京夺回征夷大将军职位，由于明智光秀出色的才能，织田信长请求足利义昭让明智光秀以足利家臣的身份仕于织田家，这在“忠臣不仕二主”的道德看上看来,这种情状确实反常，但是，在名份上看来，足利义昭是未来的征夷大将军，那么织田信长也就是义昭臣子，而且，足利义昭此刻急需信长的扶助，所以，足利义昭很直爽的答应了。
永禄十一年（1568）九月七日，织田信长带领六万大军由美浓的歧阜城出发，沿途消亡了不表臣服的浅井家，六角家后于永禄十一年九月二十六日进进京都，在稳定足利义昭征夷大将军的地位后，信长命令明智光秀和羽柴秀吉共同担任京都奉行。
明智光秀在之后几年中为信长的天下步武做出了很大奉献，受赐在坂本筑城。
然而好景不长，天正七年（1579）三月，明智光秀讨伐叛臣波多野家，为了劝降波多野家，明智光秀不得不把自己的母亲为人质，波多野家感其诚恳情愿投降，明智光秀答应波多野投降之后保其领地。
波多野氏 家督 波多野秀治 亲赴 安土城 向 织田信长 谢罪请降。不料 织田信长 以 波多野氏 反复无常， 不能信赖， 竟将 波多野秀治 与其随行的弟弟 波多野秀尚 一同斩首。 八上城 守军闻讯， 悲愤不已， 也将明智光秀的母亲杀死。 虽然如此， 没有了主将的 八上城 也很快被 明智光秀 攻陷，但光秀悲痛欲绝。
织田家 终究占据 丹波藩国， 但 明智光秀付出的代价是繁重的。母亲被害，名看受损。虽然据说作为人质的是光秀的叔母，还有的说送进城里的只是个西贝货， 替身而已。但名看受损却是一定的，一个名震天下的将军却连自己的母亲都保护不了，对别人许下的承诺，不能够完成，对于一个领导这是一个多大的打击。
而且也向别人公布了一个消息，织田信长并不重视明智光秀，只是把他当作一个奴仆，工具罢了。这样在织田家内部，其他家臣瞧不起明智光秀，敌对势力的人只会把他当作织田信长恭顺的大狗。此种耻辱，几乎没有几个人能够忍受（德川家康也曾经被织田信长要求杀掉自己的亲生儿子，探求了三天，忍痛杀掉了德川信康，但德川家康一直隐忍，直到自己“上位”）。
光秀开始对信长有了不满。
天正八年（1580）三月，织田信长在利用天皇敕令情状下，逼本愿寺向自己请和，并放下武器成为皇家的祈愿寺，无奈的本愿寺家终究赞同了信长的条件，结束了石山会战，由于明智光秀在与本愿寺和丹波的战功第一，他得到丹波二十九万石的领地和龟山城。
受封为丹波守护，成为与羽柴秀吉、柴田胜家并列的三大诸侯。
天正十年（1582）明智光秀担任了织田家御食奉行之职，不久，即被命令负责应织田信长之邀前往安土城的德川家康一行，但是由于途中有人陷害（史学界看法是丰臣秀吉），即是光秀在招待家康时候，盘里竟然有死鱼！信长立刻当着众人的面给了光秀几个耳光，并大加欺侮，令光秀难堪之至。
信长命光秀成为秀吉家臣，往支援正在西国与毛利家作战的羽柴秀吉。同一时刻，信长剥夺光秀领地、俸禄和官位。忍无可忍的光秀随即决定谋反。最后假借奉命援助羽柴秀吉的名义出兵，中途变道直取在本能寺休息的织田信长。
本能寺事变后，进进京都的明智光秀随即被天皇册封“征夷大将军”，一跃成为时代的中心人物。
随后发檄文于天下，号召各地诸侯响应自己，然而光秀还未建立幕府，却在这时，从西国赶回的羽柴秀吉带领三万的大军发起对光秀的讨伐，明智光秀率部一万六千余人迎战柴羽秀吉于山崎，敌我力量悬殊。最后，明智光秀战败，当光秀逃至阪本城四周的山路时，被当地的农民杀死。
有一说法着是光秀从此出家隐居，化名南光坊天海。其短命的政权被人称为“三日天下”。