天正十年（1582年）六月一日，织田信长下榻京都本能寺，召来国手本因坊秀哉和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜败局，包括信长在内，看者皆惊。当日晚间，信长召来长男信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝。信长也躺下了，下半夜却突然被喧闹声吵醒。
他最初还以为是侍卫们吵架，才爬起身预备斥责，忽听铁炮发射之声，阵阵喊响——
“定然有人反叛，往，看看叛者是谁？！”信长命令小姓森兰丸说。
森兰丸出往了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，象是惟任日向守的部队！”信长大惊：“光秀吗……”
兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
光秀之谋叛，现在普及认为是暂时起意，策划时间并不很长，但即便如此，以后事倒推，似乎也隐躲着许多不为当时人重视的蛛丝马迹。
在受命西援羽柴秀吉，与毛利军对战后，明智光秀从安土返回自己的本城——近江坂本，五月二十六日再到丹波龟山。
翌日，他前往爱宕山参拜，祈求获胜。二十八日，在爱宕山威德院西坊中，召来闻名的连歌师里村绍巴等饮酒唱和，这就是闻名的《爱宕百韵》。当时光秀所做的连歌中有一句为“ときは今天が下しる五月哉”，意为：“这细雨绵绵的五月天啊。”然而，土岐在日语中的发音正是“とき”，而明智光秀即出身于土岐氏庶流，假如“とき”确为双关语的话，即可阐明成：“五月间，土岐氏取得了天下！”
据说连歌唱和时，光秀曾询问里村绍巴本能寺外濠沟的深浅，绍巴回答说：“只是普通寺庙，无濠——将军问此何意？”光秀笑笑，随即闭口不语。
但他分明在进行凝重的探求，以致于食粽子的时候，竟然出神得忘了剥除粽叶。当晚，光秀与绍巴同榻而眠，辗转反侧，隐有叹气声，绍巴问他，他却说是在探求诗句。
六月一日，明智光秀返回龟山城，在此召集麾下最亲信的部将明智左马助秀满（光春）、明智右卫门尉光忠、藤田傅五、斋藤内躲助利三、沟口胜兵卫茂朝五人，阐明自己的决心。
并且直言相告：“如有异意，请斩光秀之首。”五人皆拜伏应允，并草就誓书、递交人质以表达自己的诚心。
当日下午四时左右，明智光秀召集家中物头，告知说：“京都的森乱（即森兰丸）有信使来报，主公为了加强对中国地区用兵，要在京都检阅我家的军队。
”于是立刻整队出发。但还有一种说法，明智军是先西进到山崎后，光秀才公布“阅兵”的消息，于是大 *** 向前往京都。
对于明智光秀的真实意图，普通士兵们是不了解的，他们也并不知道“阅兵”的托词，甚至其中许多人等到信长死亡，还搞不清内中真相。
最先攻进本能寺的士兵之一、本城惣右卫门有介在回忆录中说：“那时，太閤公（即羽柴秀吉）正在备中与辉元殿下相持，明智率军驰援，本以为是前往山崎方向，不料却命令进京。因为那时家康公也到了京都，我等都认为这是针对家康公的。”
士兵们认为是信长想要消亡德川家康势力，因此派明智光秀趁夜秘密进军前往京都。
这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领导织田信长都报有一种怎样的看感——信长公是强大的君主，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。
《耶稣会日本年报》中也说：“……命令把火绳都点了火，铳都上了扳机，长枪也整备好。
部下迷惘这是企图做什么，有人认为明智受信长的命令，往杀信长的义弟三河之王（指家康）”。其实当时家康已经往往了堺，而并不在京都。
据阐明智军总兵力为一万三千人，分为三队：光秀本队自保津翻山，经水尾天皇陵至嵯峨野，在衣笠山麓的地躲院布阵；一队由明智秀满等带领，由山 *** 经过老之坂，渡过桂川；另一队由明智光忠带领，从王子村取道唐柜岳，前往松尾的山田村。
一方面，万余大军假如不分散行动，踪迹是不可能不被发现的，另方面，这阐明光秀的目的并不仅仅在杀死信长一人，他还要趁此机会尽快掌握京都和四周地区。
明智本队进进山城国，在沓挂宿稍作休息时，光秀命令部将天野源右卫门领一队人马为先驱，将此地到本能寺路上有可能泄露本军行踪的行人全部捉拿或诛杀。
天野源右卫门果然在京都七条口四周杀死了早起种瓜的二、三十个农民。
明智大军进至桂川时，光秀终究下达了详尽的命令：“都往掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半，铁炮手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时预备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。
吾辈士卒有两处目的（指信长下榻的本能寺，和信忠下榻的妙觉寺），树立武勋便在今日。有什么期看现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继续家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继续家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”。