关于明智光秀起兵的动机，有多种说法。例如怨恨信长，夺取天下的野心，守护朝廷等等，并没有统一的看法。下面即列出几种主要说法：
光秀怨恨说
江户时期以来一直到昭和时期之小说一般都摘用怨恨说作为题材，最重要的就是被去除招待德川家康的职务这一点。
虽然很难辨明真伪，但作为理由，一般认为有几个理由：
明智光秀本计划周全细心地招待家康，但是预备的菜肴中有恶臭的气味(亦有说因预备素材因天气关系而发出非腐烂的自然味道，信长在巡查厨房时发现，但不接受光秀阐明，且褫夺其飨宴奉行一职)。
信长怒道“你企图拿烂掉的菜来招待吗？”撤掉了菜肴，并罢免了光秀的招待职务。
明智光秀在平定丹波国的时候，将其母（亦有乳母说）作为人质交给八上城，说服城主波多野兄弟前往信优点。然而信长杀害了兄弟俩人，结果在八上城的光秀的母亲也被杀害。
信长下达要将光秀从原封国丹波国转封到尚是毛利氏领土的出云国与石见国。由于之前信长驱逐重臣林通胜与佐久间信盛，让光秀也有了失往领土被驱逐的危机感而心生不满。
由此，光秀倍感耻辱，积怨甚深。但是，积怨说的依据大多是在江户时代之后出现的文稿，作为史料非常值得怀疑。
目前对于光秀从何时决定谋反尚未定论，但是在龟山城出兵前，光秀在参拜爱宕神社时所咏的诗歌“时在今日，天下当倾”，似乎可以展示当时他已经下定了谋反的决心。
朝廷黑幕说
此说是近年兴起的说法，是本能寺之变诸说中，比较有利的说法。
朝廷黑幕说的基础建立在三职推任事件上。此事被笔录在公卿·劝修寺晴丰所写的“天正十年夏记”，原文：“廿五日天晴。村井所へ参后。安土へ女はうしゆ御したく候て、太政大臣か关白か将军か、御すいにん候て可然候よし被申候(しかるべくそうろうよしもうされそうろう)。
その由申进候。”这段被称为三职推任事件的文章引起了立花京子、小和田哲男、今谷明、堀新等日本学者的注重。本文从不一样的角度阐明，则出现两派相反的看法，分别列举如下：
朝廷主动派
本派是小和田哲男、堀新等学者所支持的看法。
1582年4月25日，信长消亡武田家后，朝廷差遣劝修寺晴丰跟织田家京都奉行村井贞胜提出期看织田信长从太政大臣、关白和征夷大将军中抉择其中一个职位担任的想法。请村井向信长转达，让朝廷可以做好预备。
信长主动派
本派是立花京子、今谷明等学者所支持的看法。
1582年4月25日，信长消亡武田家后，透过其京都奉行村井贞胜向朝廷使者劝修寺晴丰提出织田信长期看能从太政大臣、关白和征夷大将军中抉择其中一个职位担任的想法。请劝修寺向朝廷转达。
朝廷主动或是信长主动派之后的发展都是一致的。
1582年5月4日，劝修寺晴丰向信长表达天皇期看信长接任征夷大将军一职、开设幕府。已知此事的信长却刻意避而不见，并派森兰丸前往表达保留此事的态度。三职推任事件加上信长在1578年辞往右大臣事件、天正改元事件、正亲町天皇让位事件等多次双方冲突下，使朝廷认为拒绝开设幕府的信长有可能是想推翻原有的天皇制度，因而联合支持朝廷的明智光秀发动本能寺之变。
其他
本能寺之变前一天，织田信长曾请到当时日本的第一高手日海禅师（一世本因坊算砂）和当时另一位棋道高手鹿盐利玄前来对局，弈至中盘时，竟下出了盘上出现三个劫的局面，当一方在其中一处提出劫时，另两处便成为对手的劫材，而因为三劫都关系到整盘棋势，谁也没法粘劫中断劫争，棋局只得以无胜败告终，不料当晚即发生本能寺之变，“三劫局乃不祥之兆”的说法即由此始。