第三章依据地里，修告诉众人，绿山已经落进王国军手中，新同盟军和托利巴虽然没有实力收回绿山，但是必须把绿山代理市长泰来兹营救出来，这样在收复绿山的时候，就能得到老百姓的支持。修让主人公等扮成学生潜进绿山。费嘉先行一步，在绿山安顿好一切事宜。除了主人公和七美，可另外抉择适龄同伴一起前往绿山，弗里克作为名义上的领队保护众人。
绿山在托利巴的东北面。绿山进口处，费嘉把进学通知书交给了弗里克。绿山广场上，一个女孩和王国军起了冲突，主人公上前禁止，弗里克执剑饮退了王国军。女孩是绿山的学生，名喊尼娜。弗里克随同下，大家到绿山新叶学院里递交了进学通知书。学院老师爱米利亚安顿大家住在学生宿舍。
参看学院时，大家遇见了绿山代理市长泰来兹小姐的手下希恩。在从学院回宿舍的途中，众人又遇见尼娜。看见弗里克，尼娜的倾慕之情溢于言表。七美很喜爱学校的生活和学校的食物。宿舍楼里，尼娜说自己想和七美成为好朋友，七美很紧张。翌日清晨，宿舍门口弗里克拦下主人公，告诉他们他怀疑泰来兹的失踪和希恩有关，期看主人公利用小孩的身份在绿山四处打探一下，说完话后弗里克匆忙逃跑。
尼娜跟上，说自己为弗里克做了便当。绿山的旅馆外，旅馆主人和王国军起了冲突。王国军称有人举报泰来兹躲身于这家旅馆，意欲搜查。王国军头目劳德命令放火烧店，希恩出面饮止。王国军离往，希恩向店主表达歉意。晚饭过后，宿舍里，尼娜向七美打听弗里克的口味。
并告诉七美，晚上不要太吵闹，小心会被夜游鬼带走，七美受到惊吓。学院生活的第三天，主人公一早起床四处打探消息。在学院里，尼娜喊住七美，七美向尼娜询问夜游鬼的事情，尼娜说很多小孩都亲眼看见，可能真的有鬼。尼娜又称弗里克亲口说喜爱的人是七美。七美向弗里克求证，弗里克表达对小孩子没有兴致。
弗里克带主人公众人到街上往找费嘉，不料费嘉被一群绿山市民围堵，他们认为费嘉就是告密叛徒，弗里克施计救下费嘉。费嘉告诉弗里克，把绿山攻打下的王国军将军在这２、３天之内会来绿山，他让大家一定要小心行事。半夜，众人被一阵奇异的脚步声惊醒，尾随“夜游鬼”，众人走进宿舍的地下室。
点燃地下室墙上未亮的一盏灯，一条秘道出现，沿秘道大家进进绿山学院，看见“夜游鬼”潜伏在墙后。众人上前围住，发现连日来大家所说的“夜游鬼”原来是弗里克。弗里说他发现希恩果然有问题，于是跟踪他来此地。众人继续往前，却发现希恩神异消失。主人公移动雕塑，一道暗门在墙上出现。
出门进进森林，往前不久，大家发现了一幢小木屋，原来泰来兹一直躲身与此。尽管希恩阻拦，泰来兹仍然现身。她告诉弗里克绿山被占据的原委：原先被王国军俘虏的妙芝士兵被释放后都来到了绿山，王国军将绿山围住，不久，因为食粮短缺，士兵和市民开始反目成仇，内乱发生，绿山不战而败。
弗里克想带走泰来兹，泰来兹拒绝。她认为自己没有阻止内乱的发生，又弃绿山市民于不顾，已经没有资格担任市长一职。弗里克众人只能返回。弗里克见劝导泰来兹不行，预备返回依据地。第二天清早，绿山广场上，王国军高额悬赏捉拿泰来兹。乔伊以王国军军团长身份现身，公布已经对劳德有违条约的搜查行为进行惩戒。
七美等人对乔伊的出现十分震动，比丽佳上前往觅觅乔伊，主人公行迹败露。形势紧急之下，费嘉施计扰乱人群，众人趁机从森林小路逃走。弗里克决定强行带走泰来兹。森林小屋里，尼娜正在劝导泰来兹离开，原来她一直帮希恩替泰来兹办事。泰来兹执意不肯离开，预备自己找到王国军，以免再连累绿山百姓为她受苦。
绿山境内，泰来兹被俘之际，尼娜带领绿山百姓出现，尼娜力劝泰来兹，挣脱泰来兹珍惜生命，有朝一日能为绿山百姓重新夺回绿山。泰来兹终究省悟，跟随弗里克一行从小路逃跑。王国军追赶，希恩独自阻拦军队，挣脱弗里多照顾好泰来兹。众人继续向前逃，不料乔伊出现。
乔伊劝主人公不要再当头领，离开纷繁战乱之地，他说战争的胜败早就已经注定，挈延战争是无意义的，还说黑兰德和都市同盟都不会让卢卡为所欲为的。七美不能接受乔伊为王国军效劳的事实，比丽佳则对乔伊依依不舍。追兵即至，弗里多强行带走众人。由于放跑主人公，乔伊遭受劳德诘问。
可罗冈与希伊德替乔伊开脱，乔伊感恩。可罗冈与希伊德说卢卡·布莱特带来的战乱只会荒废了黑兰德，他们情愿对乔伊效忠。弗里克带领泰来兹回到依据地。随后，费嘉带着希恩和尼娜也赶到。王国军驻地，卢卡对乔伊不费兵卒就把绿山拿下的战绩十分称心，问乔伊要什么奖赏，乔伊说他要的是黑兰德的公主卢卡的妹妹。
卢卡欣赏乔伊的气度，乔伊则另有计划要告诉卢卡。修想和马蒂尔骑士团结成同盟，让主人公前往骑士团所在地洛卡可斯城一趟，七美执意要一同前往。他们从绿山四周的一条森林小道走。森林里，马蒂尔骑兵团青骑士团长麦克罗托夫将主人公一行迎进城。骑士团领导古尔德接见了主人公众人。
古尔德态度高傲口出狂言，十分看不起还是一个孩子的主人公，安顿主人公住上几天就打发他们走。夜晚，洛卡可斯的客房里，门之纹章的继续者莱克那多再次出现。她告诉主人公，战争渐露狰狞，还会流更多的眼泪和鲜血，她要主人公面对现实，不要躲避，要改变命运和开垦新的未来。
翌日，洛卡可斯大殿上，红骑士团长卡米欧报告，为追赶逃到骑士团境内的妙芝的流民，王国军大军压境，卡米欧期看古尔德出兵援助妙芝的流民，古尔德应允。主人公也参与战斗。谁知道骑士团大军只是在境内看看。古尔德的理由是骑士团境外的事情，骑士团没有任何理由和权力出手。
流民最终被王国军挠走。王国军撤退，没有对骑士团有进一步行动。洛卡可斯城里，主人公无意中闻声麦克罗托夫想擅自前往妙芝调查究竟出了什么事情。卡米欧阻拦不住麦克罗托夫，只好挣脱主人公费心照顾。在通往妙芝的关卡，麦克罗托夫怕被人识破，想混在主人公队伍中，不料保护还是认出青骑士团长了，并告诉麦克罗托夫卡米欧带来口信，嘱咐他要小心。
快进进妙芝城时，突然一道不明紫色光束从城内飞起，在空中舞动转变，最后搜集成一个狼模样的野兽。琼斯顿山上，卢卡欣赏着仇恨的野兽被释放，他的狂笑和仇恨布满了整个大地。妙芝市内，主人公走向琼斯顿山。一名男子从会场跌撞跑出，声称家人全部被银色的怪物给吞食了。
主人公被王国军发现，只能暂时离开妙芝。 洛卡可斯城里，麦克罗托夫将妙芝上空的怪兽以及妙芝市民被虐杀的惨状汇报给古尔德，期看古尔德能出兵援助妙芝，却被古尔德一口拒绝。为保护正义，一直以身为骑士而自豪的麦克罗托夫不惜违犯骑士的誓言，卡米欧响应麦克罗托夫，带领一批骑士纷纷倒戈。
他们情愿追随主人公参与战斗。通往骑士团的森林小道里，修带军队前来接应。大家顺利返回依据地。回到依据地，七美和主人公都松了一口气。虽然没有和骑士团结盟，但从骑士团来的军队增强了同盟军的兵力。战争又要开始，主人公需要好好休息一下。皇都路路若由，卢卡对王国军将领奇巴父子忌讳颇多。
新来的王国军军师莱昂·西尔巴巴古曾担任过赤月帝国的军师，他自称有奇策对付奇巴父子。依据地接到报告，有王国军出现在拉达托街上。维克多带着主人公和七美等到拉达托打探情状。拉达托大街上，奇巴父子公布这条街由王国军接管，并且保证保障当地百姓的安全。奇巴的儿子克劳斯发现主人公，他告诉主人公他会全力出战的。
修认为，与奇巴的对决是一场实力之战。第一场战争中，利多利不知为何突然暂时撤兵，没有取得胜利。返回依据地后，修重新拟定了作战计划。皇都路路若由，皇王阿卡雷斯·布莱特、皇子卢卡·布莱特和乔伊搜集在皇宫正殿里，为乔伊举行骑士册封仪式。乔伊将自己的血滴进葡萄酒，宣誓终身效忠黑兰德皇王阿卡雷斯·布莱特，不料皇王饮进酒后突然倒地。
原来乔伊事先食了解毒药，再往自己的血里下了毒。--这就是乔伊那日和卢卡密谈商量的暗杀计划。对父亲的憎恨，让卢卡在父亲死后，快意大笑。黑兰德再次对依据地发起进攻。修让军队兵分两路，一路作为伏兵将敌人包围。众人对修的计划心存疑虑，修胸有成竹自有妙策。
主人公再次带兵迎击奇巴父子。主人公不敌，奇巴父子紧逼其后，伏兵出现，奇巴不管，仍直取主人公军队。不料利多利突然从后方出现，原来利多利撤退是修的计策。奇巴父子被俘虏。同盟军劝降奇巴父子，奇巴父子拒绝。黑兰德发来信笺，卢卡已经接任皇位。克劳斯从吉尔的婚约、阿卡雷斯的死以及第四军的动态推断，阿卡雷斯是被卢卡谋害的。
修乘机说服奇巴父子，卢卡的欲看是要食掉整个黑兰德，奇巴父子终究被招降。