南通市地方税务局和南通税务总局都是负责本地区税收征收和管理的机构，但它们之间有着不同的职责和机构设置。
南通市地方税务局是南通市直属的税务管理机构，主要职责是按照国家税收法律法规和上级税务部门的要求，负责征收、管理、服务和监督本地区各种税款和附加费的工作。该机构下设多个科室，包括税务科、纳税服务科、稽查科、税收管理科等。
南通税务总局则是江苏省税务局的派出机构，是国家税收体系在南通地区的代表和执行机构。该机构负责监督、指导和协调南通市地方税务部门的税收工作，同时还要进行税务政策的研究、宣传和实施，确保税收体系的运营顺畅和有效。
由此可见，南通市地方税务局和南通税务总局虽然都是关于税收业务的机构，但在职责、机构和管理层级等方面有着不同之处。
在实践中，南通市地方税务局和南通税务总局会根据实际需要配合、协调，进行税务工作的联动，共同维护税收秩序和贡献社会发展。
所以，南通市地方税务局和南通税务总局的关系是相互配合、协作的，各自承担不同的职责和任务，共同维护税收体系的正常运转。
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