南京市注册公司需要遵守国家相关规定，按照一定程序进行办理。以下是南京市注册公司的具体手续：
一、在南京市工商行政管理局申请商业登记。需要提交的材料包括：营业执照申请书、法人身份证复印件、股东会决议及出资证明、企业名称预先核准通知书、公司章程等。
二、在税务部门进行税务登记。需要提交的材料包括：营业执照复印件、法定代表人身份证、银行开户许可证等。
三、在南京市质量监督管理部门进行产品质量认证。需要提交的材料包括：生产工艺流程图、质量标准、产品检验报告等。
四、在劳动及社会保障部门进行社保登记。需要提交的材料包括：劳动合同、社保缴纳证明等。
五、在南京市环境保护部门进行环保认证。需要提交的材料包括：环境保护验收意见书、环保设施使用登记证明等。
六、在商标管理部门进行商标注册。需要提交的材料包括：商标申请书、商标图样等。
以上是南京市注册公司的主要手续。不同行业、不同类型的公司还需要进行相应的其他手续，具体情况需根据个人实际情况而定。
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