木塔是张掖城五行(金、木、水、火、土)塔之一。为砖木构造的楼阁式塔。塔基平面呈八边形，每边长4。 2米，建在高1。5米、边长20。3米的方形台基上。塔髙32。8米，八面九级，每级八角，上有木刻龙头，口含宝珠，下挂风铃。主体为木量构造，外檐为楼阁式建造。
塔身内壁用砖砌成，各层都有门窗、楼板、回廊、塔心。窗上雕有花饰，门楣嵌砖雕横额，第一层东为“登极乐天”，西为“入三摩地”；第二层东为“西天正觉”，西为“宝代金绳”。各层门窗位置交互变位，第一层工具开门；第二层工具设假门，南北设假窗；第三层四面 开门，开月窗；第四层工具开门，无窗；第五层工具开门，南北假窗；第六层四面开门；第七层无门，南北设月窗；第八、九层均无墙壁。
全塔没有用一颗铁钉，端赖斗拱、木铆、大梁、立柱，纵横交织，彼此拉结，天衣无缝。塔内有楼梯，供人攀登。每层都有回廊、扶栏，可依栏远眺。整座塔体构造精细，高峻巍峨，别具气概，表现了我国奇特的楼阁建筑艺术。塔的顶层原有古钟一口，“扣之，钟声隐约在天际，四野皆闻”。
“木塔疏钟”曾是甘州八景之一，可谓“塔势凌霄汉，钟声扣白云”。1420年（明永乐十八年），哈烈国国王沙哈鲁的使者曾赞赏：“此塔造做之工，可谓世界之木匠、铁工、画师取法也”《重修万寿寺碑记》云：“释迦涅槃时，火化三味，得舍利子八万四千粒。阿育王造塔置瓶每粒各建一塔，甘州木塔其一也”可见万寿寺木塔是安顿佛舍利子的。
塔后为藏经楼，俗名黑楼，为镇慑黑水水患之意。平面呈长方形，面宽5间，进深3间，两层楼，重檐歇山顶，四周绕木构廊，气焰宏伟。
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