根是棉花的主要吸取器官，其主要生理功能：(1)吸取土壤中的养分和水分,供棉株生长利用:棉花根系的吸取作用，主要依靠根毛和幼嫩根尖的表皮细胞。根的其他部位只能起输导作用。一个定型棉株的根系，其干重占全株总干重的1/7左右，但却担当着棉株主要的吸取功能。
如每生产50千克皮棉，大约需吸取氮素7。5千克，磷素3千克左右，钾素6-7千克以及吸取25万-30万千克的水。因此，根系生理机能一旦受阻，就会严重影响地上部的生长与发育，并在外部形态上快速反映出来。生产实践中总结出来的“壮苗先壮根”是很有科学道理的。
(2)固定地上部分株体的作用：在大田作物中，棉花的植株体是较大的，特殊是一些肥水条件好、培植技术有一定水平的高产田，株体均较大，发达的根系对固定地上部分起重要作用。若没有相应发达的根系支撑固定，则棉株会发生倒伏，以致对产量和品行带来不利的影响。
(3)合成作用:棉根也是重要的代谢中心之一，其生理过程极为纷杂，能利用从土壤中吸取的氮、磷、钾等无机物与来自地上部制造的有机养分进行同化作用，从而合成甜氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丝氨酸等10多种氨基酸，这些氨基酸通过木质部输送到嫩枝，促进幼嫩茎枝的生长和发育。
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