受北京地铁6号线调整走向的屡次调整影响，北京地铁3号线原有规划被弃捐。2008年10月，地铁远景线网中3号线规划工做已经启动。市委市政府决定加快轨道交通建立，该线提早到2014岁尾开工建立。估量2019年建成通车（全线）。
在近期规划中，北京地铁3号线与6号线停止了线路整合，保留南段，取缔了北段（看京、酒仙桥地域）的规划 在方案中，北京地铁3号线西端起点位于石景山区玉泉路砂石场四周，仍有西延方案。东端起点在向阳区东坝四周，尚未确定；城内走向根本确定，自玉泉路起，沿阜石路向东，路过定慧寺、航天桥、白堆子，转向三里河路，后在二里沟四周转向安然大街，颠末姚家园，最初抵达北京首都国际机场，成为机场第2条地铁线路。
3号线将在甜家口商场与北京地铁6号线、12号线换乘，将建立北京第一座地下三层同站台换乘车站。3号线在东四十条和车公庄换乘2号线，在连合湖跟尾10号线，在张自忠路与5号线，在张自忠路与5号线，在安然病院与16号线换乘，在地安门东侧锣鼓巷四周与8号线换乘，为同站台换乘。
3号线已知设置站点有：玉泉路站、永定路站、定慧寺站、航天桥站、白堆子站、甜家口商场站、二里沟东口站、车公庄站、安然病院站、安然里站、北海后门站、地安门东站、宽街站、张自忠路站、东四十条站、工人体育场站、连合湖站、姚家园站、北京首都国际机场站等。
在《北京市城市轨道交通线网调整规划》中，已将北京地铁3号线与北京地铁6号线合并，3号线规划暂停。
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