芙蕖和菡萏的区别是根据荷花差别期间的生长形态而区分：
1、芙蕖是指已经开花的荷花，即盛开的荷花。芙蕖是睡莲科莲属动物，即已经开放的荷花，古代称法，荷花的别号。出自《尔雅•释草》：“荷，芙渠。其茎茄，其叶蕸，其本蔤，其华菡萏，其实莲，其根藕。
2、菡萏是指未开的荷花，即荷花的花苞。菡萏是莲科莲属动物，荷花的别称，前人称未开的荷花为菡萏，即花苞。出自宋欧阳修《西湖戏做示同游者》：“菡萏香清画舸浮，使君寧復忆扬州。”
《说文解字》给的阐明是：“扶渠华，未发为菡萏，已发为夫容。
”根据《说文解字》的意思，芙蕖没有开是菡萏，开了之后，喊芙蕖。显然，把那些词汇总一下：芙蕖，菡萏，指的都是荷花，形态其实不不异，芙蕖指的是已经开放的荷花，菡萏指含苞未放的荷花。
《现代汉语词典》、《现代汉语标准词典》（外语教学与研究出书社、语文出书社2010年5月版）均阐明“菡萏”为“荷花的别称”。
《学生辞源》（海洋出书社1992年版）也阐明为“荷花的别称”，其给出的书证是明代李渔《闲情偶寄》中《芙蕖》的一段：“迨至菡萏成花，娇姿欲滴，后先相继，自夏徂秋，此则在花为分内之事，在报酬应得之资者也”。此句翻译的意思是：比及（荷花的）花蕾酿成荷花，姿势娇嫩得几乎要滴水，（花儿）便相继开放了，从炎天不断开到秋天，那关于花来说是它的天性，关于人来说就是应当得到的享受了。
由此得出“菡萏”就是荷花的花蕾。
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