加盟与自在连锁的区别如下：1、加盟连锁(特许连锁)是总部和加盟店按照一对一的特许运营合同成立的，而自在连锁是加盟店按自觉的意志、自愿配合结成的组织。
2、加盟连锁(特许连锁)的加盟店与总部之间存在纵向关系，各加盟店没有横向联络。自在连锁的加盟店之间则存在横向联络。
3、自在连锁是由加盟店集资构成，所以加盟店能够得到由总部利润中做为战略性投资的、延续性的利润返还，而特许运营中没有那种总部对加盟店的利润返还机造。
4、自在连锁成员店的运营自主权比加盟连锁(特许连锁)加盟店多，彼此联络更为松懈。
5、加盟连锁(特许连锁)在合同期内不克不及自在退出，自在连锁店能够自在退出。
6、自在连锁总部一般长短营利性机构，不收或收取少量的会费。特许运营中则有特许运营费用和包管金等。
7、特许运营系统凡是依托于特许人开发的某些奇特的产物、办事、运营办法、商号、商誉或者专利之上，而自在连锁则没有那些特点。
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