我想在巢湖市开个公司，是到巢湖市工商局注册呢，还是到巢湖市居巢区工商局注册呢？

看你注册的公司的规模而定咯~

若是是冠市名，不冠区、县名的，例如要注册“巢湖市XX有限责任公司”如许子的公司，则到巢湖市工商局

若是注册的是冠区、县名的公司，例如“庐江县XX有限责任公司、无为县XX有限责任公司、和县XX有限责任公司、含山县XX有限责任公司”，或者“巢湖市居巢区XX有限责任公司”如许子的，就到庐江、无为、和县、含山、居巢区的县（区）级此外工商局就行