即将接到退役通知的士兵Alex Shepherd在一起战斗中受伤，随即被送到了医院。然而他在医院里却发现了自己已经多年未见面的弟弟Joshua。奇异的是，Joshua一直在躲避自己。为查明Joshua身上到底发生了什么事，Alex回到自己的家乡牧羊人幽谷，见到了法官Holloway以及其女也是自己青梅竹马的朋友Elle。
Alex在查询过程中发现了奇异的现象，镇上同时还有许多人也失踪了，Elle的妹妹Nora也是其中之一。最终他发现这些人有可能都成为了某种阴谋的牺牲品，而自己的弟弟Joshua有可能也被牵扯其中。在家中发现父亲留下的信件之后，一切的证据都指向了寂静岭当地教会，他们有可能为了某些不可告人的目的在绑架和杀害牧羊人幽谷的居民。
为了找到Joshua，同时也为了营救自己被绑走的母亲，Alex同Wheeler副警长以及Elle一起赶到了寂静岭。 在寂静岭，Alex的父母双双遇害。不过父亲临死前的话让Alex震动不已，他说Alex其实一直都待在精神病院，他身上的士兵铭牌和军服实际上都是其父退役后的物品。
Alex最终在Holloway法官这里得知了残暴的真相。牧羊人幽谷的四大家族们自从定居之日起，就保持着每隔50年一次牺牲自己子女作为祭品的信仰，否则就会出现“神之怒”，黑暗会吞食一切。当到了Alex这一代人时，其父Adam拒绝献祭自己的儿子，神罚出现，教会不得不使用绑架和献祭活人的方式来平息神的愤恨。
经过了重重事件，Alex终究恢复了一直被自己遗忘的记忆。自己的弟弟Joshua早已经死往，原因是自己没有尽到兄长的责任。Alex自己并不是什么士兵，这么长时间以来他一直在精神病院接受医治。在与教会做了最后的了结后，带着伤感的回忆，Alex跟Elle一起离开了寂静岭。