晋太康三年（282年）置同安县，属晋安郡，后并入南安县。唐贞元十九年（803年）析南安县西南部置大同场，五代后唐长兴四年（933年）升为同安县，属泉州。宋属清源军、平海军、泉州。元属泉州路。明属泉州府。洪武二十年（1387年）始筑厦门城，清顺治七年（1650年）郑胜利驻兵厦门，十二年（1650 年）置 思明州；康熙十九年（1680年）废；二十三年（1884年）设台厦兵备道，道尹驻台湾府治（雍正六年即1728年台湾府改为台湾道），二十五年（1686年）以泉州府同知分防设厅，雍正五年（1727年）兴泉道（后为兴泉永道）自泉州移驻厦门。
光绪二十九年（1903年）厦门鼓浪屿沦为“公共租界”，民国元年（1912年）4月析同安县嘉禾里（厦门）及金门、大小嶝置思明县，9月升思明府，旋废，1915年分出金门、大小嶝设金门县，同年置南路道（1914年改名厦门道，1925年废）。
1933年“中华共和国人民革命政府”（即“福建人民政府”）设厦门出格市，旋废。
1934年同安、思明县属第五行政督察区（驻同安），1935年4月以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思有县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安），1938年5月至1945年9月沦亡，10月恢复厦门市建造，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。
1949年9月、10月同安县、厦门市解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为省辖市，1950年10月厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。1953年同安县集美镇归厦门市辖，1958年1月撤禾山区，改设郊区，8月同安县由晋江专区划属厦门市。
1966年8月开元、思明区改名东风、朝阳区（1979年10月复原名），1970年2月同安县划属晋江专区（地域），1973年6月再归厦门市。1978年9月设杏林区。1987年增设湖里区，郊区改名集美区。1997年同安撤县设区。至此，厦门市辖鼓浪屿、思明、开元、杏林、湖里、集美、同安7区 。
2003年5月经国务院批准，同意厦门市调整部门行政区划。调整的次要内容包罗：一、思明区、鼓浪屿区和开元区合并为思明区，原三区的行政区域划归思明区管辖。二、将杏林区的杏林街道处事处和杏林镇划归集美区管辖。杏林区改名为海沧区。
三、设立翔安区，将同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。行政区划调整后，厦门市辖思明、湖里、集美、海沧、同安和翔安6个区。